Windows Server 2016提供的虚拟化区域包括适用于IT专业人员的虚拟化产品和功能，以设计、部署和维护Windows Server。 Windows Server 2016上的Hyper-V具有兼容Connected Standby模式、分配离散设备、支持第1代虚拟机中的操作系统磁盘的加密支持、保护主机资源、网络适配器和内存的热添加和删除、Linux安全启动、嵌套虚拟化等功能。 Windows Server 2016上的Nano Server具有一个已更新的模块，用于构建Nano Server映像，包括物理主机和来宾虚拟机功能的更大分离度，以及对不同Windows Server版本的支持。恢复控制台也有改进，其中包括入站和出站防火墙规则分离及WinRM配置修复功能。 利用Emergency Management Console，用户可以直接从Nano Server控制台中查看和修复网络配置；借助新的PowerShell脚本，用户可以创建一个Nano Azure虚拟机。 Windows Server 2016提供新的基于Hyper-V的受防护的虚拟机，以保护第2代虚拟机免受已损坏的构造影响。引入了新的“支持加密”模式，完全支持将现有非受防护的第2代虚拟机转换为受防护的虚拟机，包括自动磁盘加密。Hyper-V虚拟机管理器可以查看授权运行的受防护的虚拟机上的构造，为构造管理员提供了一种打开受防护的虚拟机的密钥保护程序 (KP) 并查看构造是否有权在其上运行的方式。还有基于Windows PowerShell的端到端诊断工具等。
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